Provinsi DI. Yogyakarta memiliki lembaga pengawasan pelayanan umum bernama Ombudsman Daerah Yogyakarta yang dibentuk dengan Keputusan Gubernur DIY. Sri Sultan HB X pada tahun 2004.
Daerah Istimewa Yogyakarta adalah sebuah provinsi yang berdasarkan wilayah Kasultanan Ngayogyakarta Hadiningrat dan Kadipaten Pakualaman. Selain itu ditambahkan pula mantan-mantan wilayah Kasunanan Surakarta Hadiningrat dan Praja Mangkunagaran yang sebelumnya merupakan enklave di Yogyakarta.
Pemerintahan Daerah Istimewa Yogyakarta dapat dirunut asal mulanya dari tahun 1945, bahkan sebelum itu. Beberapa minggu setelah Proklamasi 17 Agustus 1945, atas desakan rakyat dan setelah melihat kondisi yang ada, Hamengkubuwono IX mengeluarkan dekrit kerajaan yang dikenal dengan Amanat 5 September 1945
. Isi dekrit tersebut adalah integrasi monarki Yogyakarta ke dalam Republik Indonesia. Dekrit dengan isi yang serupa juga dikeluarkan oleh Paku Alam VIII pada hari yang sama. Dekrit integrasi dengan Republik Indonesia semacam itu sebenarnya juga dikeluarkan oleh berbagai monarki di Nusantara, walau tidak sedikit monarki yang menunggu ditegakkannya pemerintahan Hindia Belanda setelah kekalahan Jepang.Pada saat itu kekuasaan Kasultanan Ngayogyakarta Hadiningrat meliputi:
- Kabupaten Kota Yogyakarta dengan bupatinya KRT Hardjodiningrat,
- Kabupaten Sleman dengan bupatinya KRT Pringgodiningrat,
- Kabupaten Bantul dengan bupatinya KRT Joyodiningrat,
- Kabupaten Gunungkidul dengan bupatinya KRT Suryodiningrat,
- Kabupaten Kulonprogo dengan bupatinya KRT Secodiningrat.
- Kabupaten Kota Pakualaman dengan bupatinya KRT Brotodiningrat,
- Kabupaten Adikarto dengan bupatinya KRT Suryaningprang.
) yang isinya menyerahkan kekuasaan Legeslatif pada Badan Pekerja KNI Daerah Yogyakarta. Mulai saat itu pula kedua penguasa kerajaan di Jawa bagian selatan mengeluarkan dekrit bersama dan memulai persatuan dua kerajaan.Semenjak saat itu dekrit kerajaan tidak hanya ditandatangani kedua penguasa monarki melainkan juga oleh ketua Badan Pekerja KNI Daerah Yogyakarta sebagai simbol persetujuan rakyat. Perkembangan monarki persatuan mengalami pasang dan surut. Pada 18 Mei 1946, secara resmi nama Daerah Istimewa Yogyakarta mulai digunakan dalam urusan pemerintahan menegaskan persatuan dua daerah kerajaan untuk menjadi sebuah daerah istimewa dari Negara Indonesia. Penggunaan nama tersebut ada di dalam Maklumat No 18 tentang Dewan-Dewan Perwakilan Rakyat di Daerah Istimewa Yogyakarta (lihat Maklumat Yogyakarta Nomor 18 Tahun 1946
). Pemerintahan monarki persatuan tetap berlangsung sampai dikeluarkannya UU No 3 Tahun 1950 tentang pembentukan Daerah Istimewa Yogyakarta yang mengukuhkan daerah Kesultanan Yogyakarta dan daerah Paku Alaman adalah bagian integral Negara Indonesia."(1) Daerah yang meliputi daerah Kesultanan Yogyakarta dan daerah Paku Alaman ditetapkan menjadi Daerah Istimewa Yogyakarta. (2) Daerah Istimewa Yogyakarta adalah setingkat dengan Provinsi."(Pasal 1 UU No 3 Tahun 1950)
Etimologi
Wilayah yang kemudian menjadi keraton dan ibukota Yogyakarta telah lama dikenal sebelum Sultan Hamengkubuwono I memilih tempat itu sebagai pusat pemerintahannya. Wilayah itu dikenal dalam karya sejarah tradisional (Babad) maupun dalam leluri dari mulut ke mulut. Babad Giyanti mengisahkan bahwa Sunan Amengkurat telah mendirikan dalem yang bernama Gerjiwati di wilayah itu. Kemudian oleh Paku Buwana II dinamakan Ayogya.[5] Secara etimologis Ngayogyakarto Hadiningrat berasal dari kata Ayu – Gya – Karto atau Ayodya – Karto – Ning – Rat. Harimurti Subanar, UGM, mendiskripsikan : Nga = Menuju; Yogya = Sebaik – baiknya; Karta = Bekerja/Makarya; Hadi = Agung, Luhur; Ning = Bening, Jernih, Suci; Rat = Jagat, Bawono; Jagad kecil adalah manusia dan jagad besar adalah semesta alam. Secara filosofis makna Ngayogyakarto adalah hakekat, gegayuhan atau tujuan hidup untuk menciptakan kebahagiaan dunia akherat & negeri yang Baladil Amin (Adil & Amanah).Wilayah kerajaan ini didirikan di Pesanggarahan Garjitowati, Tlatah Pacetokan, Alas Bering, yang berada diantara dua sungai, yaitu : Sungai Winongo dan Sungai Code. Komplek Kraton terletak ditengah – tengah dan berada pada as-kosmis, dari utara terdapat garis lurus dengan Tugu dan Gunung Merapi dan dari Selatan simetris dengan Panggung Krapyak dan laut selatan.
Luas Kraton Yogyakarta 14.000 meter persagi, yang didalamnya terdapat 22 macam bentuk bangunan dan fungsinya yang dilandasi nilai – nilai filosofis, Kraton dibangun pada tahun 1756 dengan condrosengkolo memet : “Dwi Naga Rasa Tunggal”.
Kraton memiliki Plengkung atau Gerbang utama yang masing masing memiliki nama – nama tersendiri, memiliki benteng tinggi mengelilingi Kraton dan empat beteng pengintai disetiap sudutnya. Jumlah jalan keluar masuk ada 9 jalan, dan 5 jalan yang bertemu dialun – alun, Corak pembentukan kota Yogyakarta pada hakekatnya merupakan implementasi dari konsep P. Mangkubumi 1755, yang berdasarkan pada bentuk tata tubuh manusia dimana Yogyakarta terbagi dua wilayah, bagian selatan merupakan simbul rohani dan bagian utara merupakan simbol duniawi.
Bangunan Kraton Yogyakarta sebelah Utara terdiri dari : Kedhaton / Prabayekso, Bangsal Kencana, Regol Danapratapa / Pintu Gerbang, Bangsal Sri Manganti, Regol Sri Manganti, Bangsal Ponconiti, Regol Brajanala, Siti Hinggil, Tarub Agung, Pagelaran (tiangnya 64), Alun – alun utara (jumlah pohon 62, angka 62 + 64 menggambarkan usia rasulullah tahun Masehi dan tahun Jawa), Pasar Beringharjo, Tugu. Sebelah Selatan : Regol Kemagangan, Bangsal Kemagangan, Regol Gadung Mlati, Bangsal Kemandungan, Regol Kemandungan, Sasana Hinggil, Alun – alun Selatan, Krapyak.